глубокий смысл был в начале темы: в уравнении

матрица

-- это матрица линейного оператора и это диктуется ни какими-то конвенциональными штучками, а самим уравнением, совершенно объективно
Напишу свои соображения об этом, потому что, кажется, не у меня одного здесь было некоторое недоумение (или недопонимание).
В системе

выполним линейную замену координат с постоянной матрицей:

. Тогда

Таким образом, матрица системы при линейной замене переменных преобразуется так, как положено преобразовываться матрице линейного оператора.
Тут есть несколько аспектов.
1) Я привык к такому определению линейного оператора:

линейный, если выполняется

, безо всяких переходов в другие базисы. Правая часть уравнения

этому условию удовлетворяет: если вместо

подставить в правую часть линейную комбинацию, то и получится линейная комбинация, согласно свойствам умножения матриц. Для меня вопрос о линейности на этом и закрыт.
2) Видимо, речь шла о том, что запись уравнения инвариантна относительно перехода в другие базисы: везде будет матрица одного и того же оператора. Именно это утверждение непосредственно проверялось в рассуждении с матрицей

. Но вручную это проверять вовсе не обязательно: достаточно заметить, что

- это корректное операторное равенство (включающее действия над векторами, а не над координатами, и не привязанное к конкретному базису; здесь учитывается, что покоординатная сходимость из определения производной от базиса не зависит). Точнее, чтобы получить такое операторное равенство, надо взять оператор, имеющий матрицу

в стандартном базисе. Тогда это равенство будет справедливо в стандартном базисе (если

- решение), а так как оно не зависит от базиса - то будет справедливо и в любом другом.
3) Теперь рассмотрим приведённый выше контрпример:
Если мы видим запись

, это значит, что матрица

умножается на вектор-столбец

, или, что то же самое, линейный оператор

в арифметическом пространстве

Автоматически нет, не значит. Например, в теории малых колебаний лагранжевых систем рассматривается система

где

-- матрицы билинейных симметрических форм (

-- положительно определена).
Поэтому проверять с каким тензором мы имеем дело необходимо.
Левая часть уравнения

также линейна относительно

. Мы можем взять операторы, имеющие матрицы

и

в стандартном базисе, и равенство с этими операторами будет верно в любом базисе. Так что тут тоже можно рассматривать

и

как линейные операторы.
4) Однако есть нюанс. Обозначим через

пространство, к которому принадлежат векторы

. Тогда и

из первого примера, и

и

из второго примера являются линейными операторами, действующими на векторы из

. Но в какое пространство они действуют? В первом примере

обязательно

, так как

и

должны принадлежать одному и тому же пространству

. А во втором примере

необязательно: главное чтобы операторы

и

действовали в одно и то же пространство, чтобы

и

можно было сложить. Таким образом, может быть

,

с любым векторным пространством

подходящей размерности. В частности, если

(пространство линейных функционалов на

), то

и

будут билинейными формами. Потому что билинейная форма на

- это и есть линейный оператор из

в

:
Предлагаю сойтись на отождествлении матрицы билинейной формы

с матрицей оператора

который действует из пространства

в пространство

со взаимными базисами.
(Другими словами: когда мы подставляем в билинейную форму один вектор, то остаётся подставить ещё один, т.е. получается линейный функционал, в который можно подставить оставшийся вектор; таким образом билинейная форма ставит в соответствие каждому вектору линейный функционал, он же ковектор. И это соответствие линейно.)
Так что в первом примере можно понимать матрицу

только как матрицу линейного оператора

, а во втором примере можно понимать матрицы

и

как матрицы линейных операторов

с любым пространством

подходящей размерности, в частности как матрицы билинейных форм

.