2014 dxdy logo

Научный форум dxdy

Математика, Физика, Computer Science, Machine Learning, LaTeX, Механика и Техника, Химия,
Биология и Медицина, Экономика и Финансовая Математика, Гуманитарные науки




Начать новую тему Ответить на тему
 
 Принципы универсального описания молекулярной структуры
Сообщение28.11.2024, 13:14 


07/01/23
424
В тему приглашаются химики-квантовики, химик-структурщики (электронографисты, кристаллографисты и пр.) и отчасти химики-органики. Я писал в этой теме, что хочу запрограммировать автонастраиваемый функционал молекулярной механики, который опишет любую молекулярную структуру (при условии что его параметры будут динамически “фититься” по данным квантовохимических расчётов).
Собирался взяться за работу на этой неделе, но потом решил не торопиться и всех спрашивать. Изначально у меня был план, в моём функционале считать энергию через потенциал Морзе для всех связей в молекуле, и через потенциал Леннарда-Джонса для всех межъядерных расстояний. Т.е. я планировал на каждой итерации, если в молекуле N атомов и M связей, считать энергию молекулы по этой формуле:

$E=\displaystyle\sum_{i=1}^{M} D_i (1-e^{\alpha_i(r_i-r_{ei})^2})+\displaystyle\sum_{i \neq j}^{N} ((k_i+k_j) (r_{ij}^{-12})-(l_i+l_j) (r_{ij}^{-6}))$

Понятна ли эта формула? В функционале есть $M$ параметров $D, \alpha_i_, r_e$ и $N$ параметров $k_i, l_i$.
Но потом я подумал, что возможно такой функционал молекулярной механики будет довольно некорректный, потому что не учитывает асимметрию образования слабых связей в молекулах. Возьмём например эту молекулу:

Изображение

Здесь видно что в центре-внизу есть очень слабая водородная связь O..H, и в ходе оптимизации это расстояние скорее всего сделается короче, т.е. притяжение по этой связи есть уже сейчас, хотя формально связи нет и модель ММ не будет эту связь учитывать. Мой функционал ММ в формуле выше не особо сможет учесть асимметрию, т.е. грубо говоря не предскажет что атом водорода будет притягиваться именно влево, а не вправо. Как можно улучшить модель, чтобы учитывать такие моменты?

 Профиль  
                  
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ 1 сообщение ] 

Модераторы: photon, Toucan, Супермодераторы



Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group