В тему приглашаются химики-квантовики, химик-структурщики (электронографисты, кристаллографисты и пр.) и отчасти химики-органики. Я писал в
этой теме, что хочу запрограммировать автонастраиваемый функционал молекулярной механики, который опишет любую молекулярную структуру (при условии что его параметры будут динамически “фититься” по данным квантовохимических расчётов).
Собирался взяться за работу на этой неделе, но потом решил не торопиться и всех спрашивать. Изначально у меня был план, в моём функционале считать энергию через потенциал Морзе для всех связей в молекуле, и через потенциал Леннарда-Джонса для всех межъядерных расстояний. Т.е. я планировал на каждой итерации, если в молекуле N атомов и M связей, считать энергию молекулы по этой формуле:
Понятна ли эта формула? В функционале есть
параметров
и
параметров
.
Но потом я подумал, что возможно такой функционал молекулярной механики будет довольно некорректный, потому что не учитывает асимметрию образования слабых связей в молекулах. Возьмём например эту молекулу:
Здесь видно что в центре-внизу есть очень слабая водородная связь O..H, и в ходе оптимизации это расстояние скорее всего сделается короче, т.е. притяжение по этой связи есть уже сейчас, хотя формально связи нет и модель ММ не будет эту связь учитывать. Мой функционал ММ в формуле выше не особо сможет учесть асимметрию, т.е. грубо говоря не предскажет что атом водорода будет притягиваться именно влево, а не вправо. Как можно улучшить модель, чтобы учитывать такие моменты?