Принимая во внимание этот эффект, столкновения уже не могут считаться абсолютно упругими, а фактически являются неупругими. Поэтому модель идеального газа в некотором смысле может считаться "гибридной"
Да, энергия при ударах может перераспределяться между степенями свободы, но, в модели идеального газа, вся она остаётся в полных кинетических энергиях сталкивающихся молекул, потенциальных энергиях "пружинок" между атомами, иногда ещё учитывают электронные возбуждения. Никаких химических реакций с молекулами не происходит. Гамильтониан отдельной частицы можно записывать с вращениями, с колебаниями или ещё какие-то допустимые внутренние возбуждения (типа электронных) -- это всё не выводит из модели идеального газа. Лишь бы не было взаимодействия отдельных частиц газа и была возможность пренебречь объемом частиц при вычислении статистического интеграла.
А вот при вычислении статистических сумм, действительно отцепляют трансляционные движения от вращений, а вращения от колебаний (адиабатическое приближение), но это оправдано маленькой оценкой финальной ошибки, и это не проблема модели идеального газа, а проблема квантово-механическая -- очень сложно искать уровни энергии молекулы не факторизуя волновую функцию.
Кажется понял в чём было возражение. В механике упругие те, в которых полная кинетическая сохраняется. Если внутренние возбуждения учитывать, то, конечно будут неупругие. Но в модели идеального газа нет ничего об упругих соударениях (хотя в школьных учебниках пишут об этом). В широком смысле модель требует лишь трёх вещей: нет взаимодействия частиц, не требуется учитывать объем частиц, и равновесное состояние каким-то образом достигнуто.