тогда получится что полная энергия частицы отрицательная. разве не так?
Так, но в этом нет ничего необычного. Полная энергия может быть отрицательной. Вообще, потенциальная энергия и, соответственно, полная энергия — понятие тоже существенно нерелятивистское. Но оно может быть использовано ограниченно и аккуратно и в релятивистском контексте. Но из отрицательности такой полной энергии одной из частей системы никаких особых следствий нет. Вот если бы полная энергия всей системы оказалась отрицательной, то дело другое.