Результат удачного исключения переменных и повышения порядка можно рассматривать как образ другого вложения (в другие джеты даже) того же уравнения.
Симметрии -- объекты внутренней геометрии. Таким образом, ответ на Ваш вопрос: (высшие) симметрии одни и те же. Проще всего это понять, рассматривая уравнения с внутренней точки зрения.
(Оффтоп)
Вообще говоря, законы сохранения и вариационные принципы тоже объекты внутренней геометрии (вариационные принципы до некоторой пока непонятной степени, насколько мне известно). Со скобками Пуассона сложнее. Это потому что касательное уравнение внутренним образом определить легко (особенно его нечётную версию), а вот с кокасательным не до конца понятно что делать, если исходное уравнение не ОДУ.