Есть коммерческое ПО с открытым кодом. Но сейчас речь не о нём.
Допустим, но тогда стоит использовать правильную терминологию. Вы вроде как претендуете на серьезное знакомство с разработкой ПО.
А о бесплатном ПО с открытым кодом, которое ещё называют свободным ПО.
Свободное ПО по определению является бесплатным, но совсем не факт, что оно не будет коммерческим - на платной техподдержке в подобных случаях можно очень хорошо зарабатывать (если, конечно, реально ее оказывать, а не в описанном выше
Red_Herring стиле; впрочем, в этом случае контора быстро разорится).
Но ладно, давайте вернемся к нашим баранам. Итак, у нас есть свободное бесплатное ПО, ссылки на которое бывают в научных публикациях. Почему из этого следует, что оно написано "неизвестно кем" и ему при этом "слепо доверяют"? Кем и как оно должно быть написано, чтобы эти недостатки у него пропали?