приведите минимальный тех-файл с microtype, который у Вас "вылетает" в обновлённой программе.
Проверил, эффект не воспроизводится, связи с пакетом microtype нет. После многих экспериментов пришёл к выводу, что новый просмотрщик pdf-файлов, встроенный в TeXworks 0.6.6, не любит кириллицу в именах каталогов и файлов. Независимо от наличия пробелов.
Старый TeXworks 0.6.5 так не капризничает. И компиляция из-под него происходит во много раз быстрее. Хотя иногда для получения правильных ссылок нужно запустить компиляцию 2–3 раза.