На хорошем слайде на нормальной лекции возникает 10-15 остановок. К тому же, чтобы это распространялось на текст за пределами формулы, придется делать дополнительные \onslide. Так что фразы "идея плохая" и "очень плохая привычка" мне непонятны, это хотя бы работает, хоть и создает определенные неудобства с отступами.
10--15 остановок это очень много, кроме, конечно, случая, когда у вас только формулы, без текста. Но под это beamer не затачивался.
Как лет 5 назад объяснила Барбара Битон (главный TeXnician AMS) когда я доложил баг в equation: это наряду с \[ \] очень древние окружения, которых никто много лет никто не касался, и, вероятно не коснется и устранять багов не будет. Поэтому лучше использовать
{gather}, {align}, {gather*}, {align*}
даже если формула однострочная