PphantomПонятно, что "так исторически сложилось".
Но может хоть какое-то рациональное зерно было в существовании двух фондов.
Например, в книге "Телескоп во льдах" (про историю нейтринного телескопа в Антарктиде) довольно много места уделяется рассказу о источниках финансирования работ. И там интересно: чем меньше деньги, тем меньше отчетности требуется. Начиная с того, что некие суммы выделяются просто под честное имя конкретному человеку, даже без обещания провести какие-то конкретные работы, и который их может раздавать по сути под честное слово.
Вот и подумалось, может фонды и были предназначены для разных типов грантов: один под маленькие с нестрогой отчетностью, другой - под большие. Ии что-то в этом роде.