Добавьте
Код:
\def\equation{$$\refstepcounter{equation}}
\def\endequation{\eqno \hbox{\@eqnnum}$$\@ignoretrue}
\def\@eqnnum{{\normalfont \normalcolor (\arabic{equation})}}
\def\f@rst#1.#2{#1}
\def\s@cond#1.#2{#2}
\def\s@lr@f#1#2{\ifnum\arabic{section}=\f@rst#1{}\s@cond#1\else #1\fi}
\def\ref#1{\expandafter\@setref\csname r@#1\endcsname\s@lr@f{#1}}
в свой стилевой файл. Тогда формулы будут нумероваться в виде (1), (2) и т.д., однако ссылки на них будут зависеть от раздела.
Для глав можно этот код немного переделать - тоже будет работать.
