Коронавирус

[NikolayPrimachenko]

EUgeneUS, очень хорошо, что Вы хоть что-то признаёте, пусть и с оговорками про 6:1 :)
Только о главном Вы ничего не написали: Вы согласны, что обещанный доступ к данным должен быть предоставлен?

Писать на сайте газеты не хочу. Вы там сами заварили, сами как-нибудь и расхлебаете, если захотите.

Про логарифмическую шкалу и ноль забыл. Насколько я знаю, среднее считают только для тех, у кого есть антитела. Если из 20 у 15 есть антитела, а у 5 нет, то показатель корня будет 15. Пишут так: "у 5 антител нет, у тех, у кого антитела обнаружены (n=15), средний титр равен такому-то числу". Пример: МУ 3.1.1760-03, смотрите "Приложение 1". Придираться ли к авторам или критикам по этому поводу --- это, как говорится, на Ваш вкус.

Еще раз к главному: Вы согласны, что обещанный доступ к данным должен быть обеспечен?

[EUgeneUS]

NikolayPrimachenko в сообщении #1493354 писал(а):

EUgeneUS, самая главная мысль: даже если бы в тексте всё было идеально, обещанный доступ к данным должен быть обеспечен. Иначе это не наука.

Кстати, в комментариях в ТрВ ответили с ссылкой по этому поводу

Цитата:

Непредоставление данных по нередакционным запросам для совместного использования не является основанием для ретракции — https://publicationethics.org/retractio ... %20article

-- 20.11.2020, 08:12 --

NikolayPrimachenko в сообщении #1493362 писал(а):

EUgeneUS, очень хорошо, что Вы хоть что-то признаёте, пусть и с оговорками про 6:1 :)

Что значит "хоть что-то признаю"? Я признаю факты, подтвержденные аргументами.
И причем тут "оговорки"? 6:1 - это факт.

NikolayPrimachenko в сообщении #1493362 писал(а):

Только о главном Вы ничего не написали: Вы согласны, что обещанный доступ к данным должен быть предоставлен?

Тут два вопроса, на самом деле.
1. Нужно ли предоставить доступ, раз обещали? Да, нужно, раз обещали. Это обычные бытовые соображения: пообещал - сделай. Почему не дали доступ критикам из ТрВ - я не знаю. Может по злому умыслу, а может они как-то не так запрос оформили.
2. Нужно ли по этому поводу отзывать статью? Не знаю, и не могу знать. А мнения профессионалов разделились: Власов и Ко считает, что нужно, другие приводят ссылку, что это не повод для отзыва.

-- 20.11.2020, 08:13 --

NikolayPrimachenko в сообщении #1493362 писал(а):

Вы там сами заварили,

Опять же, факты говорят, что заварил не я, а авторы статьи в ТрВ. Или авторы статьи в "Ланцете".

-- 20.11.2020, 08:17 --

NikolayPrimachenko в сообщении #1493362 писал(а):

Пример: МУ 3.1.1760-03
, смотрите "Приложение 1".

Какая связь между приложением к МУ и статьей в "Ланцете"? Авторы статьи указывают, как они считают титры в приложении к статье, а не в приложении к МУ.

[NikolayPrimachenko]

EUgeneUS в сообщении #1493363 писал(а):

Нужно ли предоставить доступ, раз обещали? Да, нужно, раз обещали.

Вот это главное.

А про отзыв статьи не интересно. Ну, пусть поправят, если в спешке накосячили. "Данные давай, раз обещал!"

[EUgeneUS]

NikolayPrimachenko в сообщении #1493366 писал(а):

Вот это главное.

ИМХО, главное - другое.
Где-то слышал такую сентенцию: "Главная заповедь врача - не навреди, а главная заповедь ученого - не соври". Всё остальное - это обеспечение этого главного.

Если в статье Логунова и Ко появляется число 3442, источник которого совершенно непонятен, то это проблема, конечно.
Но с другой стороны, если критики пишут "Схемы нет", а потом (где-то в дискуссии в комментариях) объясняют "так-то схема есть, но она такая плохая, что её как бы уже и нет", то это не меньшая проблема. Если не большая, так как число 3442 гипотетически может быть следствие какой-то технической ошибки, а подобные утверждения про схемы вызывают очень нехорошие подозрения в сознательных попытках ввести читателя в заблуждение, так как схему на первом рисунке в тексте статьи не заметить было невозможно.

[NikolayPrimachenko]

(Оффтоп)

NikolayPrimachenko в сообщении #1493366 писал(а):

"Данные давай, раз обещал!"

Это я под впечатлением от блога vteninn.livejournal.com --- отличная вещь, но очень злая. У него там есть: Текст давай!

[EUgeneUS]

Про статью в ТрВ - там весело.

(Оффтоп)

пианист в сообщении #1492904 писал(а):

Тогда есть смысл дождаться ответа.

Ответа дождались. И много ответов.
Там уже кто-то в простыню завертывается, предположительно, один из авторов критической статьи в ТрВ.

[NikolayPrimachenko]

EUgeneUS в сообщении #1493196 писал(а):

Откуда эти "26%-92%" взяты вообще не понятно.

Кажется, отсюда:

Полина Лосева (N+1) в Магия чисел: что можно сказать о вакцине по пресс-релизам писал(а):

В пресс-релизе Pfizer доверительный интервал не указан. Однако его можно рассчитать по классическим статистическим формулам. Это проделали, например, пользователи сайта R-bloggers.com — и получили следующий интервал: от 80,8 до 95,5. Экспериментаторы попадут в этот интервал в 95 случаях из 100 — то есть практически наверняка. Это значит, что даже если какие-то из заболевших оказались в выборке Pfizer случайно и не отражают общей картины в популяции, то вакцина все равно эффективна по меньшей мере на 80 процентов.

Если по той же формуле рассчитать доверительный интервал для результатов «Спутника» (предположим, что из 16 000 людей, которые уже вакцинированы, 4 000 получили плацебо, а 12 000 — настоящую вакцину), получится совсем другая картина: от 26 до 92 процентов. Доверительный интервал гораздо шире, а значит, у испытателей куда больше шанс промахнуться с эффективностью.

Почему так вышло? Здесь в дело вступает размер выборки, который входит в формулу для расчета доверительного интервала. Чем больше у нас было шансов обнаружить или не обнаружить заражение, тем выше доверие к нашему результату. Но выборка у «Спутника» почти в 3 раза меньше, чем у вакцины Pfizer, поэтому неудивительно, что она дает такой результат. Чтобы получить надежные данные, нужно либо собрать много людей сразу, либо растянуть испытания. Первое дорого, второе нереалистично в условиях пандемии. Приходится выбирать — между мучительным ожиданием, затратами и доверием.

[alisa-lebovski]

Итак, в Москве официально уже 7168 заражений за сутки. Рекорд весны с лихвой перекрыт. Спада не видно.

Некоторые говорят, это от того, что делается больше тестов. Интересно, чтобы сравнить. Сколько тестов делалось в районе майского пика? Сколько тестов делалось в августе, когда заражений было в 10 раз меньше?

[Pphantom]

Образовавшийся оффтопик отделен в тему «Об анонимном рецензировании». Пожалуйста, пишите тут только то, что непосредственно относится к теме обсуждения, в ней и так уже 36 страниц.

[EUgeneUS]

NikolayPrimachenko в сообщении #1493572 писал(а):

Кажется, отсюда:

Спасибо!
Статья на N+1 мне понравилась. Но к цифрам вопросы остались.
1. Если пройти по ссылке на "пользователей сайта R-bloggers.com", то попадем на githabb, где проводится расчет доверительного интервала для данных по вакцине Пфайзер.
2. Вот только там нет никаких формул, куда бы можно было подставить данные, имеющиеся по "Спутнику". Там есть пример кода, который заточен на данные Пфайзер, например, на равенство тестовой и контрольной групп.
3. В статье на N+1 указано, что для "Спутника" размеры групп были 12000 и 4000. В этом случае, если точечная оценка эффективности вакцины равна $0.92$, то распределение случаев заболевания будет $4:16$ между вакцинированными и группой плацебо. А посчитанные ранее доверительные интервалы изменяться мало.

4. Проверил используемый метод по посчитанным интервалу для вакцины Пфайзер (данные по ссылке на гитхаб).
Там (в самом конце после обновления):

Цитата:

The results indicate an estimate VE (98.6% credible interval) of 0.946 (0.878, 0.984).

Если рассчитать по используемому методу, то
а) для размера групп 1000 человек:
VE (98.6% credible interval) of 0.95 (0.881, 0.998)
б) для размера групп 100000 человек:
VE (98.6% credible interval) of 0.95 (0.878, 0.998)

Разница есть, но, ИМХО, не существенная.

[EUgeneUS]

NikolayPrimachenko в сообщении #1493572 писал(а):

EUgeneUS в сообщении #1493196 писал(а):

Откуда эти "26%-92%" взяты вообще не понятно.

Кажется, отсюда:

Полина Лосева (N+1) в Магия чисел: что можно сказать о вакцине по пресс-релизам писал(а):

В пресс-релизе Pfizer доверительный интервал не указан. Однако его можно рассчитать по классическим статистическим формулам. Это проделали, например, пользователи сайта R-bloggers.com — и получили следующий интервал: от 80,8 до 95,5. Экспериментаторы попадут в этот интервал в 95 случаях из 100 — то есть практически наверняка. Это значит, что даже если какие-то из заболевших оказались в выборке Pfizer случайно и не отражают общей картины в популяции, то вакцина все равно эффективна по меньшей мере на 80 процентов.

Если по той же формуле рассчитать доверительный интервал для результатов «Спутника» (предположим, что из 16 000 людей, которые уже вакцинированы, 4 000 получили плацебо, а 12 000 — настоящую вакцину), получится совсем другая картина: от 26 до 92 процентов. Доверительный интервал гораздо шире, а значит, у испытателей куда больше шанс промахнуться с эффективностью.

Вот тут вроде бы разобрался, как заставить Excel решать точно
Если подставить данные, которые использовала Полина Лосева:
4 000 получили плацебо (заболело 4), а 12 000 (заболело 16) — настоящую вакцину, то 99,7%-й ("три сигма") доверительный интервал получается $[0,26;0,99]$
Источник 26% найден. А в статье на N+1 ошибка, скорее всего опечатка - верхняя граница интервала 99%, а не 92%.

-- 22.11.2020, 21:41 --

И еще интересное наблюдение про статью на N+1.

1. Там написано для Пфайзера: "и получили следующий интервал: от 80,8 до 95,5.".
2. Если зайти на github по приведенной ссыке, то самые близкие цифры тут:

Цитата:

The results indicate an estimate VE (98.6% credible interval) of 0.946 (0.878, 0.984).

3. Если пересчитать по данным спутника: 4 000 получили плацебо (заболело 4), а 12 000 (заболело 16) — настоящую вакцину, для такого же дов. интервала (98,6%), то получится $[0.45;0.99]$. Тоже весьма широкий, конечно, но все таки не 26%, а 45% нижняя граница.

[wrest]

wrest в сообщении #1491856 писал(а):

В Нью-Йорке школы открыли 26 сентября.

И вот пож-ста, 4609.

С завтрашнего дня закрывают ночную работу баров. И запрет на собрания больше 10 человек (считают, что вечеринки по поводу Хеловина подлили немало масла "have become a major cause" в ковидный пожар). В кинотеатрах вводятся ограничения 25% мест но не более 50 человекв зале. И т.д. и т.п.

В общем, я хочу сказать, что меры там принимаются те же, и при тех же обстоятельствах. Города-близнецы. Вангую подскок выявлений в Нью-Йорке до 5-7 тыс. в ближайшие пару недель.

Немножко итогов за пару недель.
Выявления в Нью-Йорке (штате) таки подскочили до 5 тыс. в день (но не до 7).
Школы в Нью-Йорке городе опять закрыты, на неопределенный срок. В остальном штате не закрыты.

[Philipp]

В последнюю неделю побит антирекорд, позавчера достигнуто 7168 по Москве. Невероятная болтанка последних 2 недель не дает возможности воспользоваться прежней моделью даже для описания данных – формировалось плато на уровне 6000-6050, с тенденцией роста по 45 в день, которое может быть включено в общее описание по его пробитию, вверх или вниз. Хотя последние 5 дней впечатление, что пробилось вверх.
Ниже картинка, красная линия – что могло быть при продолжении тенденции, пурпурная – сглаженные окном 7 фактические данные.



Ниже коэффициент распространения. Последние 12 дней в интервале 0,99-1,06. Роспотребнадзор же фиксирует только за последние 3 дня 0,93-1,20, отражая флуктуации.



Согласно заключению зам. главы ведомства Ежловой,

«… расчет показателя Rt осуществляется независимо от дней недели, в связи с чем влияние внутри недельных изменений в количестве зарегистрированных случаев COVID-19 нивелируется. Существующая методика вычисления показателя Rt основана на сроках инкубационного периода и является более чувствительной, чем при вычислении для более продолжительных временных интервалов. »

-- 23.11.2020, 18:06 --

EUgeneUS в сообщении #1492655 писал(а):

Philipp в сообщении #1492649

писал(а):
Именно это значение было зафиксировано в Ухани в самый первый месяц эпидемии, и потом постоянно подтверждалось.

В Ухани, очевидно, это величина была занижена из-за низкой выявляемости, особенно в начальный период эпидемии.

Выявляемость не должна влиять на коэффициент распространения при постоянстве отношения диагностированных к заболевшим. Это отношение и сейчас признается в пределах 1:(6-10), в противном случае откуда были бы антитела у 20-25% населения при гораздо меньшем числе поставленных диагнозов?

-- 23.11.2020, 18:09 --

wrest в сообщении #1492859 писал(а):

Сегодня, по всей видимости, один год с момента появления "нулевого пациента".

(Оффтоп)

Я на пару месяцев раньше того нулевого переболел, 3 дня на боку отлеживался. Вся классика присутствовала, притом те признаки, которые совсем недавно открываются. Ну и что? Отряхнулся и пошел. Пульсоксиметр стабильно 99. Я не ковиддиссидент, заурядный фаталист. Притом уверен, что параллельно со мной, до и после манифестации ковида болели тысячи, если не миллионы.

-- 23.11.2020, 18:19 --

Цитата, источник не могу найти.
Результаты, приведенные в этих таблицах, можно воспроизвести, если использовать данные из рис. 2 и заменить нули на 1.
Стоит отдельно упомянуть про анонсированные "92% эффективности". Это опять либо свидетельство непрофессионализма, либо намеренная попытка ввести в заблуждение. Проблема в этой цифре в доверительном интервале. Имеющиеся 20 случаев заболевания (если верить Гамалее на слово, т. к. протоколов нет) позволяют достоверно говорить об эффективности 26%-92%.

А анонсировать и следует расчетную эффективность, по данным. Доверительный интервал только вводит в заблуждение, начинается привязка недоброжелателей к нижней границе. Ну получили низкое значение для нижней границы исходя из каких-то условностей, связанных с сигмами. Общепринято 3 сигмы. Лингвисты пользуются 2 сигмами, давайте ужесточим до 4 сигм где связано с безопасностью, и пр. Если в стране будет 10 вакцин, не могут же все 10 оказаться на нижней границе, полюбому в среднем сработает точечная оценка.

А так можно дойти до абсурда, берем данные:



Представим, что в тестовой заболело не 5, а 500, а в контрольной не 15, а 1500, при прежних размерах групп. Коэффициент эффективности остается прежний (вакцина по-прежнему спасает 91,7% от потенциально заражаемых в схожих условиях), но доверительный интервал сужается в 10 раз. Лучше стало от того, что эпидемия более свирепая и народу погибает в 100 раз больше, и точечная оценка «улучшилась»?

А так есть вопросы по планированию эксперимента. Оптимально было бы, если бы исходя из априорных соображений об эффективности, размеры групп были бы установлены такими, чтобы количество заболевших оказалось одинаковым в тестовой и контрольных группах. Т.е. в данном случае не 4000 и 16000, а 1500 и 18500 исходя из заданного общего количества волонтеров 20000.

Можно предполагать, что эффективность вакцины предполагалась 75%, тогда группы 4000 и 16000 оптимальны. Другое соображение, что если ориентироваться на равенство заболевших в группах, то в 50% случаев в тестовой заболеют больше, чем в контрольной. Объяснить журналистам и публике, что это оттого, что тестовая группа в 12 раз больше контрольной, не удастся. Живем не в самом лучшем мире, Лейбниц был неправ.

-- 23.11.2020, 18:26 --

NikolayPrimachenko в сообщении #1493362 писал(а):

Про логарифмическую шкалу и ноль забыл. Насколько я знаю, среднее считают только для тех, у кого есть антитела. Если из 20 у 15 есть антитела, а у 5 нет, то показатель корня будет 15. Пишут так: "у 5 антител нет, у тех, у кого антитела обнаружены (n=15), средний титр равен такому-то числу". Пример: МУ 3.1.1760-03, смотрите "Приложение 1". Придираться ли к авторам или критикам по этому поводу --- это, как говорится, на Ваш вкус.

Я бы делал так, чисто для себя. Ко всем опытным данным прибавляется постоянное число, памятуя принцип Лапласа (для штук прибавляется 1, для результатов измерения наименьшая еще фиксируемая исходя из точности метода величина), вычисляется средняя геометрическая, затем эта-же величина отнимается от результата.
Пример: среднее от 0 и 8 есть 2. Это если вопрос в штуках.
Даже если это варварство, то лучше, чем делить группу на 2 по принципу что у одних сработало, у других нет, или прибор недостаточно точный (чувствительный)

-- 23.11.2020, 18:29 --

NikolayPrimachenko в сообщении #1493354 писал(а):

Возможно, что строка "GMTs had increased to 5382 with Gam-COVID-Vac and 5382 with Gam-COVID-Vac-Lyo" у кого-то вызвала дискомфорт, и это захотели поправить.

Знакомое дело, инженерами человеческих душ давно подмеченное. Из богомоловского «В августе 44-го».
«В момент появления Павловского из хаты я по привычке взглянул на часы -
для рапорта. Было ровно пять ноль-ноль, и я подумал - не пойдет...
Начальство не любит приблизительности, не любит в донесениях круглых цифр, и, если напишешь потом "пять ноль-ноль", оно поморщится, решит, что время это взято на авось, с потолка. И для рапорта я зафиксировал - четыре пятьдесят восемь...»

-- 23.11.2020, 18:31 --

EUgeneUS в сообщении #1493196 писал(а):

Свежее интервью Сергея Нетесова

Затрагивает многие спорные вопросы.

Да особо ничего и не затрагивает, речь о начале зарождения нового вида. Сменили же кроманьонцы неандертальцев, некоторое время даже бок о бок жили.

-- 23.11.2020, 18:33 --

EUgeneUS в сообщении #1493370 писал(а):

Если в статье Логунова и Ко появляется число 3442, источник которого совершенно непонятен, то это проблема, конечно.

(Оффтоп)

Техническая ошибка всегда возможна. В сети какого-то вуза выложена ВАХ (лаба для студентов) диода Д9, так там значение тока 2,82 мА для напряжения 0,35 В. В этом месте гладкий график (сплайны Excel) скособочивается. При подстановке тока 2,32 мА все идеально. Подмена 3 и 8 – самая частая ошибка при перепечатывании машинописных документов. Хотя тут явно не тот случай, машинки вместе с пишбарышнями канули в Лету.

-- 23.11.2020, 18:33 --

EUgeneUS в сообщении #1493370 писал(а):

Если в статье Логунова и Ко появляется число 3442, источник которого совершенно непонятен, то это проблема, конечно.

(Оффтоп)

Техническая ошибка всегда возможна. В сети какого-то вуза выложена ВАХ (лаба для студентов) диода Д9, так там значение тока 2,82 мА для напряжения 0,35 В. В этом месте гладкий график (сплайны Excel) скособочивается. При подстановке тока 2,32 мА все идеально. Подмена 3 и 8 – самая частая ошибка при перепечатывании машинописных документов. Хотя тут явно не тот случай, машинки вместе с пишбарышнями канули в Лету.

[alisa-lebovski]

Philipp в сообщении #1493841 писал(а):

Я на пару месяцев раньше того нулевого переболел, 3 дня на боку отлеживался.

Откуда Вы тогда могли заразиться? Вы делали тест на антитела?

Philipp в сообщении #1493841 писал(а):

Притом уверен, что параллельно со мной, до и после манифестации ковида болели тысячи, если не миллионы.

Как это могло остаться не замеченным и не отразиться на смертности и кривых эпидемии?

[statistonline]

Philipp в сообщении #1493841 писал(а):

Представим, что в тестовой заболело не 5, а 500, а в контрольной не 15, а 1500, при прежних размерах групп... доверительный интервал сужается в 10 раз

Почему?

Philipp в сообщении #1493841 писал(а):

Оптимально было бы, если бы исходя из априорных соображений об эффективности, размеры групп были бы установлены такими, чтобы количество заболевших оказалось одинаковым в тестовой и контрольных группах.

Как определить "априорную эффективность"?