почему те или иные соединения находятся в жидкостях организма в виде ионов;
Открывайте любой учебник по общей химии (например, Глинку, Ахметова, Шрайвера-Эткинса или первый том Третьякова) и читаете про электролитическую диссоциацию.
почему в тех или иных реакциях участвуют одни функциональные группы, а другие нет;
Любой учебник по огранике Вам в помощь (Травень, Реутов, Ким, Терней и т.д.).
что определяет возможность протекания реакции в том или ином направлении;
Те же учебники по общей химии, разделы посвящённые термодинамике химических реакций.
что определяет устойчивость соединения;
Тот же раздел, что и в предыдущем вопросе (хотя можно ещё и про кинетическую стабильность в тех же учебниках почитать).
можно ли теоретически рассчитать химические и физические свойства соединения.
А тут даже учебник не нужен: да можно. Разные свойства рассчитываются с разной сложностью, но принципиальных ограничений нет.