Это верно для системы

, но верно ли это для уравнения

?
Абсолютно. Система (2) - это по сути замена переменных. Замена

на две другие

. Причем абсолютно законная. Так же, как и в уравнении (в рациональных):

можем сделать замену

это законно, потому что для любых

, кроме

существует единственное

...А почему именно такую замену? - А потому что так нам удобно. Можно ли иначе? - можно, получаться решения в другой
форме.
Так и здесь. Главное - существование и единственность. И любое решение

уравнения (1) будет получено из параметрических формул при единственном значении параметров

"Проблема" при решении однородных уравнений в целых числах - необходимость деления решений на НОД. Некоторые люди считают, что это нечестно, что решение - неполное. Но такая проблема есть и в "полных решений" в статье из википедии. Есть даже у Пифагоровых троек. При каких значений параметров в решении

получится решение

. Да, при

Этот параметр часто упускается по умолчанию, но он есть. И он в общем случае - рациональный.
Почему? В Вашей ссылке полные рациональные параметризации у Г. Харди и Райта - 3-х параметрическое, а у Н. Элкис - 4-х параметрическое.
А ничего что у Элкис параметр

- общий множитель для всех переменных. Поставил все таки. Потому что умный. А Харди и Райт не поставили. Тупые наверное. Оба. Или, скорее всего, автор статьи в википедии переписывал формул где-что-как нашел не заморачиваясь деталями.
Короче обе решения 2-параметрические от рациональных параметров.
Andrey A, в вашем решении как я понимаю хотите избежать эту необходимость делить на НОД, доумножать. Чистое решение без всяких "если". Я не в состоянии сказать пока удалось ли вам это, слишком много ньюансов и мелких деталей. Но если удалось - то наличие двух "лишних" параметров абсолютно оправдано.