Где и при каких обстоятельствах вы это читали? Объяснение вопроса из чего состоят вещества бессмысленно без объяснения того, что такое атом, молекула и ион, а если знать, что это такое, то должно быть понятно, что никакого противоречия тут нет.
Вот, к примеру: "Вещества, состоящие из молекул, называются молекулярными веществами. Так, вода состоит из молекул воды" - это из учебника Жукова С. Т.
В другом учебнике написано: "Все вещества состоят из атомов. Например, вода состоит из атомов водорода и кислорода в отношении 2:1." - это вроде у Попеля.
Возможно, там просто не очень хорошо изложено. Вообще говоря, когда одно понятие объясняется через другое, это другое тоже неплохо бы хоть как-то объяснить. Так что там, где говорится про ионы, должно хоть как-то объясняться, что это.
С точки зрения химии, базовый строительный материал - это атомы. На первых порах атом можно представлять себе как маленький твердый шарик, не имеющий внутреннего строения (хотя на самом деле он его имеет, конечно же). Атомы существуют разных сортов (чуть больше ста), все их виды и основные свойства перечислены в таблице Менделеева. На первых порах также можно считать, что все атомы одного сорта абсолютно одинаковы (на самом деле нет, но это будет потом
)
А дальше может быть много чего:
1. Атомы могут оставаться просто "самими собой" и образовывать, например, газ. В эту группу попадают в первую очередь инертные газы (гелий, неон, аргон, криптон, ксенон, радон).
2. Атомы могут соединяться в молекулы. Это могут быть молекулы атомов одного вида, и такие вещества называют простыми. Например, молекула азота состоит из двух атомов азота, молекула кислорода - из двух атомов кислорода, молекула озона - из трех атомов кислорода, у фосфора бывают четырехатомные молекулы, углерод может образовывать огромные молекулы, называемые фуллеренами, с количеством атомов от 60 и больше, вроде бы примерно до 1000 попадались, есть ли больше - не знаю. Про инертные газы можно сказать, что их молекулы состоят из одного атома. Молекулы могут состоять из атомов нескольких видов, и тогда из называют сложные вещества. И еще бывают огромные молекулы, состоящие из тысяч, миллионов или даже миллиардов атомов - как правило, из повторяющихся фрагментов. Их называют полимерами. Примеры - полиэтилен, ПВХ (поливинилхлорид, из него шланги например делают), ДНК (содержит наследственную информацию в живых организмах).
3. Атом или группа атомов могут получить электрический заряд, и тогда такую частицу называют ион. Ионы с зарядами разных знаков притягиваются друг к другу, и образуют нейтральное вещество. Примеры - поваренная соль, сода, медный купорос (слово "соль" в химии как правило означает целый класс соединений, а поваренная соль - просто один из его представителей).
Дальше атомы или молекулы как-то упаковываются вместе. Тут есть два варианта - либо упаковываются упорядоченно, и такое вещество называют кристаллом, либо неупорядоченно, и такое вещество называют аморфным. Кристаллы могут состоять из ионов (кристаллы солей), из атомов одного элемента (примеры - металлы, алмаз, графит), или из молекул. Почти любое молекулярное вещество можно заставить сформировать кристалл, но это не всегда просто.
Атомы или молекулы могут просто свалиться в беспорядочную кучу и получится аморфное вещество. Из простых веществ аморфные формы бывают у углерода (сажа), фосфора и серы. Пример сложного аморфного вещества - парафин.
Про молекулы еще важно знать, что свойства, присущие какому-либо веществу, определяются именно свойствами молекул. Они, конечно, зависят от атомов, входящих в молекулу, но тем не менее, после того, как атомы объединяются в молекулу, их "суммарные свойства" могут сильно отличаться от их свойств, когда они поодиночке.
Поэтому ответить на исходный вопрос можно множеством разных способов, каждый из которых будет по-своему верным.