А какого характера проблемы?
Из, например, Википедии узнаём, что ePub - формат "для воспроизведения цифровых книг и других публикаций с плавающей вёрсткой". Если Ваша неудовлетворённость связана именно с плавающей вёрсткой, то, извините, это "фишка" формата. С другой стороны, там же (в Википедии) узнаём, что:
- ePub - контейнер, в который в том числе можно поместить и pdf с фиксированной вёрсткой (однако тут будут проблемы, связанные с различием размеров экранов читалок);
- ePub основан на HTML5. "Работают как минимум две платформы, поддерживающие HTML 5 и не полностью совместимые друг с другом (iBooks и Android), и немалое количество старых устройств, поддерживающих небольшое подмножество HTML и со своими ограничениями и ошибками".
Т.е. поменьше "наворотов" в вёрстке и, возможно, книга откроется и корректно отобразится на всех устройствах, поддерживающих ePub.