У меня в папке Maintenance (Admin) пусто. Сборка basic-miktex-2.9.6850-x64. Может, что-то не так установил... Зато есть
Miktex Consose (Admin).
В новых сборках MiKTeX административные приложения объединены в одно - MiKTeX Console.
Basic - это просто вариант установки MiKTeX, в котором выбран определённый базовый набор пакетов. В эксплуатации ничем от других вариантов установки не отличается: точно так же можно добавлять из хранилища (локального или сетевого) необходимые пакеты или удалять ненужные. В MiKTeX Console в Settings / General можно выбрать, откуда устанавливать пакеты и настроить автоматическую установку отсутствующих