Просто реальное время полета расходится с наблюдениями. Меня интересует именно этот вопрос, почему наблюдатель видит два связанных события почти одновременно
Aslum, так ведь нет в этом ничего особенного; аналогичная ситуация возможна вообще без света:
Пусть ваш объект А это стоящий человек, и пусть объект Б - другой стоящий человек. Пусть вместо ваших расстояний "световой год" речь идёт о расстояниях

метров.
В какой-то момент времени Б побежал к А (и к вашему наблюдателю). Добежав до А, он хлопнул его по плечу, мол, "давай, и ты беги". И вот, пробежав почти рядом друг за другом ещё сто метров, Б и А почти одновременно добегают до наблюдателя. (И дёргают его за уши, каждый по одному разу. Если наблюдатель, допустим, спал, то только так он узнает, что к нему прибежали А и Б, но не узнает по дёрганию за уши, сколько метров каждый из них пробежал). Ничего в этом нет удивительного.
(P.S. Если все трое заранее условятся, что тот, кто пробежит до наблюдателя

метров, дёрнет наблюдателя за уши

раз, а тот, кто

метров - дёрнет

раз, то наблюдатель узнает и про расстояния.
Аналогично и в вашей исходной задаче: если наблюдателю будет заранее с достоверностью известно, что объект Б может вспыхнуть, скажем, только синим светом, если Б находится на расстоянии в

световых года от наблюдателя, а объект А - только красным светом, если находится на расстоянии в

световой год, то наблюдатель узнает и про расстояния. Для этого надо лишь должным образом сконструировать объекты А и Б в ходе подготовки вашего эксперимента. И позаботиться, чтобы эксперименту не мешали никакие другие посторонние светильники, разноцветные новогодние ракеты, петарды, гранаты, бомбы и прочие помехи).