Только на основании квант.меха.
Теоретически (для всего вышеперечисленного): да.
Практически:
плотность, температуры кипения и замерзания, теплопроводность
оооооооооочень сложно (скорее нет, чем да, причём не важно для какой системы)
удельную проводимость,
вроде, можно, для кристаллов, (правда, с погрешностью и неопределённостью, т.к. при решении, насколько знаю, используют обычно DFT).
цвет, химические свойства
Когда как: и да и нет. Но надо конкретизировать о каком веществе идет речь.
Суть практической сложности: для описания большинства процессов (кипение, замерзание) и свойств (плотность, проводимость) необходимо моделировать большие объемы систем (т.к. это макроскопические свойства). Ну а решить уравнение Шрёдингера (фон Неймана, Гейзенберга, да хоть какое) для столь больших систем -- очень сложно. С цветом та же самая проблема. Цвет пара молекул определить -- задача (на данный момент) -- раз плюнуть. Цвет в растворе -- очень сильно зависит от растворителя, молекулы и т.д. Цвет кристалла -- та же фигня, что и для макроскопических объектов.
А вот "химические свойства" -- это некорректно поставленная задача (не по Адамару, конечно, но всё же). Если "определить вероятность протекания данной реакции" -- то для простых реакций в газе -- скорее да, чем нет. В растворе -- тоже иногда удаётся. Но это всё ещё передний край науки.
Ну и плюс, там периодически от квант.меха отходят,
что-то накрывают ковром для чего-то придумывают более высокоуровневые модели, что-то уже не ведёт себя квантово, короче упрощают себе жизнь вычислительную.