Первый банальный ответ - потому что так договорились.
А для менее банального стоит вспомнить, когда была придумана СИ (вернее, ее "электрическая" часть) и какими в тот момент были основные цели и задачи физики.
Это конец XIX века. Электрон еще не открыт, более того, даже гипотеза о существовании элементарного неделимого заряда только что высказана и является не более чем смелой гипотезой. Какие-либо объекты, обладающие фиксированным зарядом, к которому можно привязать единицу измерения, неизвестны (более того, неизвестно, есть ли они вообще в природе). Достаточно точных методов измерения заряда нет.
С другой стороны, бурно развивается электротехника. Сила тока является достаточно удобной характеристикой, которую сравнительно легко измерить, разнообразные варианты гальванометров, в том числе и весьма точные, уже имеются.
Отсюда и результат. Система единиц просто была ориентирована на имеющиеся тогда знания, возможности и потребности.