"Молекулы вирусов" - это что-то новенькое
В некотором смысле вирусы действительно молекулы. Т.н. супрамолекулы, т.е. прочные комплексы нескольких молекул, связанных и ориентированных межмолекулярными взаимодействиями. Но в таком же смысле супрамолекулой является, наверное, органелла. В любом случае это чисто терминология и концепция (иногда полезная).
Да и число макромолекул, составляющих вирус, к.м.к. порядка единиц (в пределе 2 - НК и капсид).
молекулы вирусов идентичны.
Очень странное утверждение, учитывая, что Вы приводили статью про расчет спектров капсидов. Там рассматривали несколько геометрий капсидов (что уже существенная разница - структура - очень важная штука), и при этом получались разные спектры