Может быть, Вы действительно не той программой компилируете?
Ещё вариант: попробуйте обновить ваш MiKTeX. Для этого в главном меню выберите MiKTeX 2.9 -> Maintenance (Admin) -> Update (Admin).
Я использую MiKTeX уже очень давно, но только вчера обнаружил, что он автоматически конвертирует File.eps в File-eps-converted-to.pdf. Так не всегда было. Возможно, это результат сравнительно недавних обновлений.
У меня преамбула следующая (не вся, но существенная для Вас часть содержится):
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[T2A]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[russian,english]{babel}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb} % Набор символов для математических формул.
\usepackage{mnsymbol}
\usepackage{cmap} % Чтобы текст можно было искать и копировать.
\usepackage{microtype}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{textcomp} % Набор символов для текстового режима.
\usepackage{rmathbr} % Переносы формул с повторением знака операции.
\usepackage{indentfirst} % Отступ первого абзаца.
\usepackage{titlesec} % Манипуляции заголовками.
\frenchspacing
\titleformat*{\section}{\center\normalfont\Large\bfseries}
P.S. При вставке кода в своё сообщение используйте подсветку синтаксиса.
P.P.S. Пакет nano2cmr — это какие-то шрифты?