Будут. Бесконечно долго и с бесконечно малой силой.
Насколько я понимаю, т.к. расположить два магнита на бесконечном расстоянии не очень просто, то переформулировав задачу так:
Расположим два магнита на некотором большом расстоянии

друг от друга. Найдем силу, с которой они притягиваются, время за которое они сблизятся на расстояние

(размеры самих магнитов например) и работу которая при этом выполнится. А затем найдем все это в пределе, при

Тогда начальная сила уходит в ноль, время уходит в бесконечность, а работа уходит к константе.