Но ведь если система электронов имеет отличный от нуля импульс, то она обязана как целое двигаться!
Проблемы вот в этой фразе. Импульс не показывает, как "двигается система как целое". Импульс показывает, как в системе двигается её энергия-импульс.
Допустим, мы перестанем жульничать, и заменим бесконечно удалённые концы провода на далёкие, но конечные точки

и

Не так важно, что там будет: металлические шары, ускорители электронов, да хоть трамвайные депо. Их можно окружить неподвижными поверхностями, и считать в сумме, что внутри, что вошло и что вышло.
И тогда получится:
- С точки зрения заряда, и станция

и станция

получают столько же, сколько тратят. С этой точки зрения, "система как целое" не движется.
- Но с точки зрения энергии, станция

будет постоянно терять энергию, а станция

- постоянно получать её. И если взять в пространстве некую точку - "центр масс энергии", то она будет сдвигаться от

к

В этом смысле, "система как целое" движется, хотя правильней это назвать перекачкой энергии, а не движением системы.
И никто не обещал, что одна картина будет совпадать с другой. Это легко понять: ведь можно рассматривать, скажем, электроны и антипротоны. Заряд у них одинаковый, а масса сильно разная. И если происходит какое-то непрерывное течение заряда, это вовсе не значит, что с массой то же самое. А в СТО масса превращается в энергию.