0. При всём моём уважении к геноссе Энгельсу (а он уважения заслуживает, хотя бы как человек, изменивший, вместе с коллегой, мировую историю, и далеко не уверен - что изменивший к худшему: без грубого, но весомого и зримого социализма советского розлива вместо нынешнего комфортного капитализма могла бы вполне вырасти "Железная пята" по Дж. Лондону или уэллсовский "Спящий"; а ещё он успешный фабрикант, верный друг и полковник артиллерии территориальных частей Её Величества), значения для физики его выводы не имеют. И не потому, что он философ-дилетант, самый что ни на есть монстр философии и ординарный профессор тоже ничего для физики ценного не сказали бы. Потому, как максимум, что может дать философия - уточнить употребление некоторых слов. И аргументировать необходимость изменения физики тем, что это противоречит философским тезисам куда менее обосновано, чем необходимость купить девочке куклу её, девочкиным "Хочу-хочу-хочу!". Факт хотения куклы хотя бы экспериментально наблюдаем ("дан в ощущениях, но не сводится к ощущениям").
1. По мышцам. У меня такое чувство, что ТС всё же про АТФ не погуглил. "Конец довольно предсказуем".
Мышцы - машина не тепловая, а химическая. Белок миозин связывается с АТФ, гидролизует до АДФ и фосфата, деформируется, освобождает АДФ. Одновременно с расходованием АТФ идёт его образование из АДФ и фосфата, расходуя креатинфосфат. И, как химическая машина, может работать без разности температур. И, как любая реальная машина, увеличивает энтропию, поскольку К.П.Д. не более 50%, и часть химической энергии перегоняется не в механическую, а в тепло.
(Оффтоп)
Не уверен, что к ТС применима поговорка: "Работал, как бог, только не потел". А потеют при физической работе как раз из-за выделяющегося тепла.
Да, и чтобы два раза не вставать - кальций там не "посторонний", а элемент передачи сигнала управления, нечто вроде реле.
2. По центр
ифуге.
Я не вполне понял Ваше описание. Но в любом случае - переход к стабильному состоянию будет связан с перемещением масс, изменением момента инерции и изменением угловой скорости, отсюда возьмётся и энергия на создание градиента тамператур (если у Вас внешний привод со стабилизацией скорости вращения - то энергия будет браться от привода).