Да ещё индекс i означает вырожденность. А мы рассматриваем не вырожденный случай. Как такое может быть?
Невырожденный случай означает только, что интересующий нас уровень энергии 

 невырожден - соответствующее состояние 

 одно с такой энергией. А вот энергии других состояний (

, 

) могут совпадать, поэтому их приходится нумеровать двумя индексами - номером уровня (нижний индекс) и номером состояния в ряду всех состояний с такой энергией (верхний индекс).
-- 09.09.2014, 23:42 --
 должен, на сколько я понимаю включать в себя 

Там везде оговорка 

, так что 

 - это все базисные состояния, кроме 

.
-- 09.09.2014, 23:56 --проецируется сначала на 

 что в принципе логично (ведь это базисные функции не возмущённого гамильтониана)
Нет. 

 - это не базисные функции. Это только одна, конкретная функция. Индекс 

 - не бегущий, а фиксированный (это номер уровня, энергию и функцию которого мы хотим вычислить). Базисные функции - это 

 и все 

, 

. Вот индекс 

 - как раз бегущий. Так что как раз по базису и производится разложение.
(Кстати, базисные функции не привязаны к какому-либо гамильтониану. Если они базисные, то они базисные при любом гамильтониане. Другое дело, что не всегда стационарные).