когда он идёт вверх, то засасывает воду,
Надо сделать, чтобы эта засасываемая вода частично выплёскивалась назад через иную боковую трубку, а частично возвращалась по основной трубе. Но то есть примерно как в водяной колонке с поршнем и рычагом. Тогда поплывёт вперёд.
Мне кажется, что может поплыть, если сделать так, чтобы вода выбрасывалась быстрее, чем всасывалась. Сопротивление движению в жидкости зависит от скорости кораблика.