Если бы это предположение подтвердилось
Это означает, что была бы доказана теорема, в которой было бы доказано существование такой перестановки. А это может быть только в двух случаях. Либо она была бы построена (хотя бы и не полиномиальным способом), либо ее существование было бы получено неконструктивным рассуждением от противного. Если Вы намекаете на то, что я не упомянул еще и такой вариант, то да, я был не вполне прав.
Вы все время подозреваете меня в том, что я требую ПОЛИНОМИАЛЬНЫЙ способ построения требуемой перестановки. Это не так. Меня устроит любая умозрительная конструкция. Вот для примера, доказательство утверждения об изоморфизме по мини-коду. Вы ведь это просили? Ну что-ж, извольте.
Лемма 1. Между кодом 

 и матрицей размера 

 существует взаимно-однозначное соответствие.
В одну сторону - очевидно. Дана матрица, дан алгоритм построения - получаем код. Обратно. Дан код. Что это такое? Это число, которое в двоичном виде можно записать как

Если это код какой-то матрицы 

, то по определению

, 

 ...
Отметим, что начиная с некоторого разряда все биты будут равны 0. Вот здесь то нам и понадобится размер матрицы. До какого номера 

 мы должны определять 

? Из размера 

 номер 

 вычисляется однозначно: 

. Отсюда, кстати, видно, что если код содержит биты в разрядах старше 

, то это число не может быть кодом никакой матрицы размера 

.
Тем самым, биты двоичного представления данного кода 

 однозначно определяют наддиагональные элементы матрицы 

. А в силу симметрии и всю матрицу. Легко видеть, что код этой матрицы в точности 

. Впрочем, последее уже излишне. Нам нужна лишь взаимная однозначность.
Лемма 2. Пусть у двух графов мини-коды совпадают. Тогда найдется перестановка 

, такая, что для их матриц смежности 

,

 имеет место равенство 

. Доказательство.
Пусть миникод равен 

. По лемме 1 существует 
единственная матрица 

, код которой совпадает с 

. По определению, миникод графа с матрицей 

, это код некой матрицы, полученной перестановкой из 

. Как мы видели, такая матрица единственна. Значит найдется некая перестановка 

, такая, что 

.
Аналогично этому, найдется некая перестановка 

, такая, что 

.
Отсюда 

. Следовательно, в качестве 

 можно взять матрицу 

. Отмечу, что в даном доказательстве "архи-важна" единственность такой матрицы 

, иначе все построение просто развалится. И я это особо отмечаю, не смотря на всю "очевидность" этого утверждения.
Обратите внимание. Я ПОСТРОИЛ перестановку 

. Как мне это удалось? Да очень просто. Посылка леммы утверждала, что у данного графа есть такой-то код. Эта посылка неявно содержит утверждение о 
существовании некой перестановки. Вот эту неявную перестановку я и использовал.
Ничто не мешает Вам использовать такие же соображения. Я Вам об этом твердил уже не знаю сколько раз. Изоморфизм 

 точно так же неявно дает Вам перестановки 

. Вот и пользуйтесь ими сколько угодно. Но Вам эта идея не понравилась, потому, что склеить из них общую перестановку Вы не можете. Да и никто не может. Ни у кого нет никаких идей на этот счет. Иначе бы это давным-давно сделали. Вам об этом твердят раз за разом. Нужны нетривиальные идеи, позволяющие как-то увязать между собой все эти 

, чтобы в конце-концов склеить из них что-то подходящее. 
Альтернатива этому ровно одна. Доказать существование методом от противного. Предположим, что такой нет. Тогда .... трали-вали ... противоречие.
Вот в этом духе и должно быть Ваше доказательство. Дальше уже выбирайте сами, что Вам больше подходит.