На первую уходит около минуты, на вторую уже больше.
Это что же за проц у вас??? У меня FullSimplify в 5 минут не укладывается...
Что касается ускорения. Во-первых можно отказаться от самой идеи упрощения и использовать PossibleZeroQ, т.е. просто проверить не тождественно ли выражение нулю. Во-вторых можно отдельно(параллельно) упростить вещественную и мнимую части, на вашем примере это ускоряет расчёты вдвое:
Код:
MySimplify[data_] := Module[{tmp = ComplexExpand[data], ret, f},
  f = {tmp[[-1, 2]], tmp[[;; -2]]};
  SetSharedVariable[f];
  ret = ParallelEvaluate[
    FullSimplify[f[[$KernelID]](*,Element[ToExpression[ToString[Row[
     Variables[tmp],"|"]]],Reals]*)], {1, 2}];
  Return[ret[[1]] + I ret[[2]]]
  ]