Программирование Z-матрицы

[shvalbe]

Народ, кто-нибудь имел дело с программированием Z-матрицы, т.е. системы, где координаты атомов задаются через длины связей, угол между тремя атомами и двухгранным углом между четырьмя атомами? Есть задание по оптимизации такой системы (т.е. есть исходный файл, задающий структуру, надо его только подкорректировать), думаю, довольно нетрудное, но без какого-либо опыта в этой части сам я его не сделаю. Если кто-то считает себя в силах помочь - отзовитесь, опишу задачу подробнее.

[Droog_Andrey]

Можно подкорректировать с помощью программ просмотра/редактирования навроде GaussView.

[shvalbe]

Droog_Andrey в сообщении #622806 писал(а):

Можно подкорректировать с помощью программ просмотра/редактирования навроде GaussView.

Исходник как раз и создан в одной из таких программ (Chem3D), проверен - без ошибок, переконвертирован в Z-матрицу (в Авогадро, Chem3D не умеет) - появились ошибки, например, замечено несколько связей Н-Н и широкий диапазон значений двухгранных углов. Изначально в Авогадро было не построить - версия под Виндой вылетает, под Линукс нужен очень мощный комп, которого не оказалось, иначе тормоза жутчайшие на самой простой фигуре. А как оптимизировать полученное, пока мыслей нет...

[Droog_Andrey]

Обычно нужно вручную указывать независимые переменные. Каков состав Вашей системы?

[shvalbe]

Кластер алмаза в форме октаэдра, поверхность терминирована атомами водорода. Чтобы указать переменные вручную (это действительно надо) нужно понять, как исключить ошибки в Z-матрице - ведь даже одна ошибка может потянуть за собой серьезное искажение, переменные в матрице взаимозависимы. Я бы сбросил сюда свою матрицу, но не вижу, где прикрепить приложение. Может, дадите свой email?

[Droog_Andrey]

О ужас-то какой. Проще всё-таки в декартовых координатах работать, думаю. Сбрасывайте прямо сюда текстом, заключив в тег [off].

[shvalbe]

Droog_Andrey в сообщении #623133 писал(а):

О ужас-то какой. Проще всё-таки в декартовых координатах работать, думаю. Сбрасывайте прямо сюда текстом, заключив в тег [off].

Там матрица из 222 атомов углерода и в ней около полутора тысяч строк, так что едва ли это удачная идея. Из найденных ошибок: 10 связей 0.69 А (видимо, Н-Н), четыре связи больше 2 А. По сравнению с общим объемом 95% матрицы верны, если не считать разброса двухгранных углов. Насчет декартовых координат - в них работать, может, и проще, но задать параметры через константы, снизив время последующего квантомеханического расчета, можно только в Z-матрице - собственно, поэтому в ней и работаем. Причем это еще, возможно, не самая большая матрица... или все-таки кинуть строки сюда?

[Droog_Andrey]

Программа, по идее, должна сама выкуривать независимые переменные, а ещё лучше, если при этом будет учтена симметрия.

Вручную такой объём данных лопатить очень накладно, не возьмусь.