По вашим вопросам:
1. Преимущество использования псевдообратной матрицы по сравнению с обратной в случае плохой обусловленности задачи - устойчивость результата. Например, если обусловленность матрицы 

, то в при изменении в 6-й значащей цифре одного из элементов матрицы, это 
может привести к изменению в элементах обратной матрицы в первой значащей цифре (что обычно делает ответ практически неприемлимым). Для псевдообратной матрицы такое же изменение элементов исходной матрице приведет к изменению элементов псевдообратной примерно в 6-й значащей цифре (или чуть хуже).
2.Инструменты для "улучшения" обусловленности матрицы: псевдообратная матрица, метод главных компонент, метод оптимального прореживания, метод регуляризации и др. 
Методы главных компонент и оптимального прореживания борются с упомянутой 
ewert проблемой линейной зависимости (или, что чаще имеет место на практике почти линейной зависимостью,см. 
Мультиколлинеарность), отбрасывая зависимые величины, оставляя только линейно-независимый "базис", эффективно понижая размерность задачи. Общая идея 
метода главных компонент - отбросить малые (по тому или иному принципу) собственные числа матрицы 

 (которые для симметричной матрицы неотрицательны), заменив их на ноль, и работать только с  в которой отличны от нуля только оставшиеся главные собственные числа. 
Про метод регуляризации, применительно к задаче обращения матрицы 

, скажу подробнее - он мне кажется наиболее подходящим к вашей задаче. В нем предлагается заменить ("некорректную" при высокой обусловленности 

) задачу решения системы 

 на ("корректную" при всех 

) задачу минимизации 
![$\|{\bf A}{\bf X}-{\bf E}\|^2+\gamma \|{\bf X}-{\bf X}_0\|^2\xrightarrow[{\bf X}]{} \min$ $\|{\bf A}{\bf X}-{\bf E}\|^2+\gamma \|{\bf X}-{\bf X}_0\|^2\xrightarrow[{\bf X}]{} \min$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/8/6/5/865e1d03442700e7c13816da57c3869482.png)
, где 

 - "априорная оценка" решения 

 (если ее  нет, то обычно берут 

), а скалярный параметр 

 - параметр регуляризации (о его выборе - ниже). Итоговое "регуляризовонное" решение имеет вид 

 Если 

, то в пределе 

 получим псевдообратную матрицу 

. (В вашем случае симметричной матрицы, естественно, 

.)
Метод регуляризации по сравнению с методом псевдообратной матрицы дает возможность более гибко влиять на результат, управляя параметром 

 (а также учитывать априорную информацию о предполагаемом решении через 

, если таковая имеется). Чем больше 

 - тем выше устойчивость решения, но тем больше и отличие регуляризованной задачи от исходной. Поэтому общий принцип подбора параметра регуляризации - брать минимально необходимое  

 или чуть больше. На практике в качестве  

 может выступать величина порядка квадрата абсолютной допустимой ошибки в ответе 

 или несколько меньшая величина (тут могут помочь численные эксперименты). (В литературе по методам регуляризации описаны автоматизированные процедуры подбора  

).
В заключение: метод регуляризации применительно к задаче анализа матриц ковариаций случайных величин называется для случая 
 ридж(или гребневой)-регрессией
 ридж(или гребневой)-регрессией. Современный обзор этого и других методов можно посмотреть, например, в 
Методы выбора регрессионных моделей.