Чтобы ответить на вопрос куда делась энергия достаточно просто рассмотреть задачу в несколько более общем виде, а именно два конденсатора, соединенные через резистор. Ток через резистор будет равен

, где

- разность напряжений на конденсаторах (естественна формула верна для двух конденсаторов одинаковой емкости). Интегрируя выражение

нуля до бесконечности найдем энергию, выделившуюся на резисторе:

. Как видно энергия не зависит от сопротивления, так что однозначно "лишняя" энергия ушла в тепло, неважно каково внутреннее сопротивление емкостей или соединительных проводов.