Предпочтительнее не сбивать его с толку и использовать тот вариант, к которому он привык. Но тогда (если этот вариант не совпадает с твоим) уже ты рискуешь постоянно путаться.
Я думаю, если надо объяснить студенту что-то с использованием уже пройденной им (якобы) темы "сферическая система координат", то лучше не следовать тому, к чему он привык, а применять то, что наиболее естественно в объясняемом месте (и заодно, как бонус, то, к чему ты привык). Один раз оговорить в начале, чётко и по слогам, какой именно вариант используется, и достаточно.
Так вот: если угол отсчитывается от оси, то это радиус рисуется там, где ему и положено быть. А если от плоскости, то его ещё надо мысленно поднимать наверх.
В обоих случаях рисуется там, где ему и положено быть, а вот синус на косинус заменять забывать не надо :-)
А если от плоскости, то его ещё надо мысленно поднимать наверх.
Это, кстати, тоже вопрос многочисленных соглашений и умолчаний, в которых можно с упоением путаться: что такое "наверх"? Для меня, может быть, ось сферической системы координат направлена "вперёд". И был какой-то математик, который вообще рассждал о координатах, лёжа на спине на диване (не помню кто, но кто-то очень известный, в т. ч. за пределами математики).