Нет, у матрицы не будет нулевая строка. Пусть вы ищете выражения со скалярными произведениями в виде

где векторы записываете через координаты исходной СК:

Тогда это записывается в матричном виде как:

Здесь у вас все векторы

ненулевые, так что и все строки матрицы ненулевые (и столбцы тоже ненулевые, кстати сказать). А если в исходной (или конечной) СК зануляется одна из проекций вектора, это означает, что всего лишь

или

а вовсе не зануление целой строки матрицы. Кстати, в отдельных позициях матрицы могут стоять нули, в этом ничего страшного.