Но, согласитесь, что, по крайней мере, ограничиваясь рассмотрением данной Теоремы, утверждение о том что пустое множество является подмножеством любого множества несколько искусственно.
Не соглашусь. Это одно из базовых утверждений теории множеств, его не получится оттуда убрать, не разломав всю теорию.
Утверждение о том, что пустое множество есть подмножество любого другого - может выглядеть
непривычно; ну так в математике много непривычного и неочевидного!
Вот что если доказывать эту Теорему полагая, что

?
Полагать так будет неграмотно и неправильно, но я думаю, что я понял, о чём Вы спрашиваете. Вы хотите спросить, можно ли доказать отсутствие биекции между произвольным множеством

и множеством его
непустых подмножеств, т.е. множеством

.
Ответ тут такой. Во-первых, утверждение об отсутствии биекции станет неверным для множеств

, состоящих из одного элемента, а также в случае

. В самом деле, если

, то в множестве

один элемент и одно непустое подмножество (само

), и между ними взаимно-однозначное соответствие существует. Аналогично, если

, то у множества

нет ни элементов, ни непустых подмножеств, и это тоже означает наличие взаимно-однозначного соответствия.
Во-вторых, для конечных множеств более чем из одного элемента, а также для бесконечных множеств, утверждение останется справедливым - не будет биекции между такими множествами

и их множествами непустых подмножеств

. Для конечных множеств это будет так потому, что если в множестве

всего

элементов, то непустых подмножеств у него будет

, а это строго больше чем

при

.
Для бесконечных множеств

можно рассуждать так. Теорема Кантора утверждает неравномощность

и

(где

включает пустое множество). Если

бесконечно, то и

бесконечно. Есть теорема, что при удалении одного элемента из бесконечного множества его мощность не меняется, так что

равномощно

и, значит, неравномощно

.
Да по-моему достаточно внятно, сложно придумать как ещё понятней.
Формулами, а не словами.
Ну вот по-моему неверным является предположение о том, что при любой биекции можно выделить подмножество прообразов отображающих в образы, которым они не принадлежат, даже принимая аксиому выделения.
Если есть отображение

, то есть и множество

- это просто факт. Уж будет ли это множество пустым или непустым - отдельный вопрос. Если интересует вопрос о существовании взаимно-однозначного соответствия между элементами

и именно непустыми подмножествами

- то да, рассуждать надо по-другому, например так как я написал выше.