Если задача об осцилляторе в трёхмерном пространстве, так что речь идёт о настоящем ЭМ-поле и о заряженной частице, способной колебаться в трёх измерениях (а не какая-нибудь игрушечная одномерная модель с игрушечным полем с невырожденным спектром частот), то

и

это мультииндексы.
Состояния 3-мерного осциллятора

нумеруются тремя квантовыми числами. Притом разных собственных частот у него в отсутствие специальных симметрий тоже не одна, а три. У настоящего ЭМ-поля бесконечно много мод и среди них есть вырожденные по частоте. Если рассматривать поле в объёме, стремящемся к бесконечности, моды можно выбрать, например, как плоские волны с частотами

где

это волновой вектор,

это тип поляризации. Описание состояния поля

заключается в перечислении чисел квантов

в каждой моде. Т.е. мультиндекс

это множество значений

для бесконечного числа мод, пронумерованных волновыми векторами и номером поляризации.
При вычислении амплитуд переходов

в пределе с

сам собой проявится закон сохранения энергии, так что останутся равными нулю числа квантов во всех модах с большими частотами - они ведь не могут возбудиться осциллятором, имеющим в начальном состоянии недостаточную для этого энергию.
В общем, такая задача похожа на недавно обсуждавшийся на форуме вопрос о вероятностях переходов, ответственных за спектральные линии спонтанного излучения атома водорода. Только тут волновые функции заряженной частицы другие, осцилляторные, а не как в кулоновском поле ядра. И начальное состояние задаётся не как одно стационарное, а как суперпозиция разных стационарных. В вычислительном плане всё будет громоздко, а в принципиальном отношении всё это не так уж и сложно.
Усреднять или нет вероятности (кстати, в литературе по физике употребителен термин "усреднять", а не "осреднять") - это зависит от постановки задачи в эксперименте. Если аппаратура способна регистрировать частоты, направления волновых векторов и поляризации квантов поля, то вероятности

для каждой моды имеют смысл отдельно друг от друга. Если же регистрируется (например, калориметром, поглощающим в итоге все кванты поля) только суммарная энергия, переданная осциллятором полю, то всё можно усреднить; правда, в такой постановке задачи заранее ясно из закона сохранения энергии, что в итоге осциллятор, перешедший в основное состояние, отдаёт полю всю свою энергию, усреднённую по его начальному состоянию, за вычетом его энергии нулевых колебаний, так что тут с полем ничего вычислять и не надо.)