Полагаю, что проблема не в вопросе, а в тех, кто сначала множит сущности без необходимости
Противопоставление "предмет vs. то, из чего состоит предмет" не было придумано авторами школьных учебников. Оно существует в обыденном языке. Даже если изъять его из школьной программы, ученик столкнется с ним. Психологи вообще говорят, что у человеческого восприятия есть такое свойство - предметность. Мы воспринимаем мир состоящим из предметов. Вот дерево, вот камень, вот травинка, вот ветка, вот дом. Невозможно не абстрагировать из этого понятие "предмет", если вообще иметь абстрактное мышление. Детям так натуральные числа объясняют: это числа, получающиеся при подсчете предметов. Ну, попытайтесь объяснить им, что это числа, получающиеся при подсчете веществ.
Также не стоит забывать, что вопросы в классе задаёт не только учитель, но и ученик.
Ученики - да что там ученики, дошколята - как раз отлично понимают, что есть пластилин, а есть цветок, вылепленный из пластилина, и это не одно и то же. Так что разницу между веществом и телом они понимают интуитивно и странных вопросов не задают. Ну а если у ученика такое развитое мышление, что он задаст вопрос "атом алюминия - вещество или физическое тело", то, вероятно, он будет способен понять и любой разумный ответ на него. Например, такой: "Атом - это тело, а не вещество. Но отдельный атом алюминия не похож на алюминиевую кастрюлю или ложку. Конечно, можно сказать, что атом алюминия состоит из алюминия, но он не обладает плотностью алюминия, его электропроводностью и так далее. Всё потому, что эти свойства появляются, только когда вместе собирается очень много атомов".
Что-то я устал от этого разговора о содержимом выеденного яйца. Дальше буквоедствуйте без меня.