Только я вас очень прошу, давайте не будем сейчас тратить время, обсуждая, правильно эта модель описывает водяные часы, или неправильно. Сейчас вопрос в другом. Почему при решении через меняющиеся массы ответ получается один:... а при решении через центр масс - другой:..
Нет, не пойдет. Объясняю почему.
Отличие двух решений обусловлено не физическими, а математическими факторами. И я верю, что вы решили обе системы правильно. В силу всего этого возникает 2 аспекта: если рассматриваемые модели эквивалентны, то необходимо найти ошибку в записи уравнений движения, либо если модели не эквивалентны необходимо выяснить какая из них некорректна.
Ну и поскольку я тугодум, то мне не спеша надо разобраться во всем по порядку. Так что придется потерпеть мою непонятливость.
Ну и в свете вышесказанного у меня снова возникают вопросы.
Елы палы, ну отнесите верхнюю точку подвеса в точку и считайте пружину ненулевой длины. Это всё несущественные детали.
Объясняю почему я против такой интерпретации. Грузики и пружина система связанная. Изменения, связанные с системой грузов отражаются на степени сжатия пружины. А в вашем предложении я вижу попытку рассмотреть грузики отдельно от пружины, а связь между ними ввести ручками. Более того, предложенный вами выбор системы координат мне не нравится еще и потому, что чашка весов свободна и при перемещении грузиков может как-то двигаться сама. Т.е. работая в лабораторной системе отсчета вы выбираете начало системы координат в точке которая как-то может двигаться относительно нас. Если же мы "сядем" на эту точку сами и выберем систему отсчета, связанную с ней, то в системе появятся еще и силы инерции (из-за возможного движения чашки весов относительно Земли), которые в данной задаче совершенно не к месту.
Так что давайте все-таки выберем другую систему координат оставаясь в лабораторной системе отсчета.
Далее. Я спросил - грузики на рисунке изображены на разных вертикалях только для удобства? Честно говоря я предполагал, что тут возможны два простых ответа - да или нет. Вы нашли третий
Да не важно это, я вам нарисовал модель: два груза перемещаются по твердым стержням.
Это отнюдь не увеличивает моего понимания задаи

Далее.
Взаимодействие между грузами и стержнями - через силы

и

.
По 3-му закону Ньютона
Я могу еще как-то согласиться с двумя этими высказываниями, но в приведенной системе уравнений я не вижу III закона Ньютона. Из уравнений я вижу, что силы приложенные к грузу и чашке имеют один и тот же знак. Либо это "особенности" выбора вашей системы координат (я начинаю склоняться именно к этому варианту), либо попытка подогнать знак ответа, либо еще что-то. Но все равно с этим,мне кажется надо разобраться.