Вордовский файл (с рисунками) этой курсовой можно найти здесь:
http://ref.a.ua/?id=297248Итак, я в процессе. Что за вчера удалось узнать.
Оказывается, в кристаллографии существует некий стандарт описания и хранения структуры в электронной форме: cif-файл. Это обыкновенный текстовый файл в котором находятся описанные по определённым правилам данные о структуре. Существует несколько баз данных, содержащих данные о структуре (cif-файлы) огромного кол-ва органических и неорганических соединений. Эти базы дают свободный доступ к очень многим хранящимся в них данным, но не ко всем. Далее, найдя нужный cif можно визуализировать структуру с помощью некоторого софта. Насколько я понимаю, есть огромное множество ПО (и бесплатного в том числе) способного визуализаровать структуру. Правила создания cif-файла приведены здесь:
The Crystallographic Information File (CIF): a New Standard Archive File for Crystallography, S. R. Hall, F. H. Allen and I. D. Brown.
Acta Cryst. (1991). A47, 655-685.
Вот те базы, которые я нашёл:
1) http://www.ccdc.cam.ac.uk/ Cambridge Structural Database (CSD)
как я понимаю, именно в Кембридже был разработан стандарт cif-а. Вероятно, это самая большая база данных в мире (более 500000 структур). Для структур, данные о которых были опубликованы до 1994г. может потребоваться академический доступ либо знакомый из учреждения, купившего полную базу. Вот что CDDC пишут:
Цитата:
Data from before 1994 are currently only available from the distributed Cambridge Structural Database (CSD).
Поиск нужного cif-а происходит так: на странице поиска вы вносите данные о статье, в которой была напечатана структура и cif высылается вам по почте.
Цитата:
In January 2002 CCDC provided a web form for data retrieval, which requires you to enter brief literature citation details and the CCDC Deposition Number (CCDCnnnnnn) which should appear in the paper.
Вообще-то, не очень удобно. Удобнее иметь возможность искать структуру непосредственно по хим. формуле. Кроме того:
Цитата:
The CSD does not store:
* Polypeptides and polysaccharides having more than 24 units. These are recorded in the Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/pdb/* Oligonucleotides. These are stored in the Nucleic Acids Data Bank
http://ndbserver.rutgers.edu/* Inorganic structures, which are stored in the Inorganic Crystal Structure Database
http://www.fiz-karlsruhe.de/icsd_content.html* Metals and Alloys, which are stored in CRYSTMET®
http://www.tothcanada.com/Нужная мне структура напечатана в статье за 1975г: P. Ashmore and H. E. Petch: Can. J. Phys. 53 (1975) 2694. То-есть, если соответствующий cif существует, то искать его надо здесь:
http://www.fiz-karlsruhe.de/icsd_content.html (см. базу 3 ниже). Несколько сомневаюсь, что кто-то создавал по этим данным cif.
2) http://www.crystallography.net/search.htmlУдобная система поиска. В форму поиска можно вбить элементы, из которых состоит кристалл и далее выполнить поиск. Своего кристалла (RbHSO4) там не нашёл. Но нашёл другие крист. структуры, которые когда-то мне могут быть нужны: Rb3H(SO4)2. В справке есть неточность. Когда задаёте хим. элементы, из которых состоит структура, то согласно справке можно задать кол-во атомов определённого хим элемента, из которого состоит молекула: например в H2O можно в поиск задать не просто, что ищем элемент, состоящий из H и O, а указать, что искомая молекула состоит из H 2 и O. это согласно справке. В действительности, следует указать H2 и O (без пробела). Я провозился битый час, пока не понял, почему по моим запросам ничего не находит.
3) старая версия:
http://icsd.ornl.gov/index.phpновая версия:
http://icsd.fiz-karlsruhe.de/Пишут:
Цитата:
Access to the new version is open via:
http://icsd.fiz-karlsruhe.de As an ORNL user, you have full access.
То-есть, в качестве не ORNL пользователей полный доступ мы не получим. Но и то что есть - тоже очень не плохо. Я пользовался старой версией. Преимущества этой базы перед двумя предыдущими: можно задать симметрию кристалла (крист. систему, точечную группу симметрии, центрированнось решётки Браве, пространственную группу симметрии). То-есть, если я имею структуру, но совсем не умею создавать cif, то можно подобрать похожий кристалл (например, с той группой пространственной симметрии что и у меня) и взяв его cif за основу можно его отредактировать и создать cif-файл своего кристалла. Короткое исследование показало, что вторая база (crystallography.net), вероятно, более обширная, чем эта.
Результаты поиска:
Во второй базе структура RbHSO4 отсутствует.
При поиске по третьей базе (icsd) искал кристаллы с той же симетрией, что и мой:
Крист. система: моноклинная
Точечная группа: 2/m
Решётка: центрированная
Простр. группа: P121/C1
Удалось найти:
a) cif для H2SO4 (Allan, D.R.; Clark, S.J.; Dawson, A.; McGregor, P.; Parsons, S.; Comparison of the high-pressure and low-temperature structures of sulfuric acid, 2002). Группа симметрии: P121/C1.
b) cif для (Rb(HSO4))(H2SO4) (Werner, C.; Troyanov, S.I.; Kemnitz, E.; Worzala, H.; Synthese und Struktur von Hydrogensulfaten des Typs M(HSO4)(H2SO4) (M = Rb, Cs und NH4), 1996). Группа симметрии: P121/C1.
Тепер сегодня надо
1) научится создать правильный cif (см. ссылку выше).
Проверить правильность cif-а поможет простенькая бесплатная програмка enCIFer:
http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/. Она же имеет простенький инструмент визуализации. Которого в моём случае может оказаться вполне достаточно.
2) Визуализировать. Для этого использую Mercury:
http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/Естественно, есть и дугой софт: DIAMOND, TOPOS и CRYSTALMAKER (спасибо Аnna Andrevna за инфу), но это гораздо более мощный софт, и я не уверен, работает ли он с cif-ками. Вообще-то и DIAMOND и CRYSTALMAKER имеют демо версии, функционала которых может вполне хватить.
Работать.
31.08.2008, 11:48 
