Если считать что система S2 движется относительно системыS1 , то часыS2 должны отставать от часовS1. Но втоже время можно рассматривать , что системаS1 движется относительноS2 - и тогда ........
Всё именно так. Часы одной системы отстают от часов другой системы, а часы другой системы - отстают от часов первой системы.
Парадокса нет. Когда мы говорим "часы

отстают от часов

", мы подразумеваем следующее: посмотрим на
одни часы

и на
несколько часов

синхронизированных между собой (по правилам

). Часы

пролетают сначала мимо одних часов

потом мимо других, и только так можно сравнить их ход, потому что системы инерциальные, и часы никогда не возвращаются. Фактически, мы сравниваем
часы 
с пространственно-временной
координатной сеткой 
Тогда мы имеем два утверждения:
1. Одиночные часы

отстают от пар часов

(Синхронизированных одним способом.)
2. Одиночные часы

отстают от пар часов

(Синхронизированных другим способом.)
И логического противоречия между ними нет.
Полезно рисовать пространственно-временные диаграммы для таких вещей.
Вот тут надо бы уточнить, надеюсь это будет выглядеть корректно и не вызовет нареканий или сомнений.
Не совсем верно, что кто – то смотрит со стороны. Пространственно – временная сетка и есть наблюдатель.
Инерциальный наблюдетель сравнивает интервалы отмеренные покоящимися и движущимися часами таким способом:
Наблюдатель берет двое часов, размещает их на некотором расстоянии друг от друга и синхронизирует. Синхронизирует, излучая пучок света от одних часов к другим. Поскольку он знает расстояние между часами и предполагает, что однонаправленная скорость света равна с, в момент приема света вторыми часами он подстраивает их под первые. Теперь эти часы идут синхронно в его системе отсчета. Таким методом он может синхронизировать сколько угодно часов и определить пространственно – временную координату события, которые присходит в непосредственной близости с одними из часов его системы отсчета.
Если движущиеся часы пролетают мимо покоящихся, в момент, когда их пространственное положение совпадает, он сличает показания движущихся и покоящихся часов.
Несколько позже движущиеся часы пролетают мимо других часов этой же инерциальной системы отсчета. Наблюдатель снова сличает показания движущихся и покоящихся часов.
Образно говоря, нужно несколько человек.
Временной интервал, отмеренный движущимися часами, будет в

раз меньше, чем интервал, отмерянный двумя покоящимися.
Каждый наблюдатель повторяет ту же процедуру, размещая часы в своей системе отсчета и синхронизируя их тем же способом.
Именно одинаковые процедуры синхронизации и приводят к т.н. относительности одновременности, кода одно и то же событие имеет различные пространственно – временные координаты в разных инерциальных системах отсчета.
Если часы синхронизировать различными способами (придавая различные значения однонапрвленной скорости света), то и результаты измерений темпа движущихся часов и длины движущихся масштабов будут разными в разных системах отсчета. Например, в одной системе отсчета движущиеся будут идти медленнее, чем собственые наблюдателя, а в другой наоборот - быстрее.