Скорость выполнения кода. Насчёт скорости C# не очень уверен, а вот Java вообще интерпретируемая (даже с JIT компиляцией).
Comsol Multiphysics написан на Java. Математические алгоритмы для него, возможно, на Фортране. Не знаю точно. Когда волнует скорость, алгоритмы нижнего уровня, перемалывающие данные, пишут на чём угодно (но обычно не на ассемблере), а скорость верхнего уровня никого уже не волнует, так как накладные расходы на него малы.
Ассемблер не позволяет компилятору оптимизировать код, Си содержит кучу низкоуровневых свойств, затрудняющих оптимизацию.