Получается, для того, чтобы появился новый ген, цепочка ДНК должна удлиниться сразу на несколько сотен нуклеотидов, причем не случайных, а "работающих".
Не просто не случайных, а копия уже имеющегося гена. Дупликация - это основной способ получения новых генов. Потом уже один из них может поменять функцию, не портя функцию "родительского" гена.
И откуда берутся новые хромосомы?
Старая развалилась пополам - вот и две новых.