Читала, что фотоны практически прозрачны друг для друга. Тогда как они могут рассеяться друг на друге?
Слово "практически" не тождественно "абсолютно всегда".
Когда говориться, что допустим сечение такого рассеяния

, это значит, что фотоны должны оказаться в таком обьеме, чтобы рассеяться друг на друге?
Во-первых, Вы ошиблись, сечение имеет размерность площади, а не объема.
Во-вторых, понятие сечения все-таки не стоит трактовать столь буквально. Для простоты можно считать, что это некоторая количественная характеристика вероятности соответствующего процесса.
Ну и наконец, даже если считать, что имелось в виду

, то эта оценка сильно завышена. Для оптических фотонов - на десятки порядков, в самом лучшем случае (для жесткого гамма-излучения) - на штуки порядков.