Объясняется это тем, что молекулы в воде расположены более равномерно, чем в воздухе. Возьмём кристалл поваренной соли (например). У него молекулы расположены ещё более равномерно, чем в воде. Почему он не прозрачный, а вода прозрачная?
Это другой вопрос. Прежде всего, есть много твёрдых тел с равномерным расположением молекул (кристаллы), при этом прозрачных. Тот же алмаз, например.
Дальше, после того, как неравномерность расположения молекул перестала играть роль (это наступает в жидкостях и твёрдых телах, потому что, как бы молекулы ни были расположены, расстояния между ними много меньше длины волны света, и при усреднении по масштабам порядка длины волны света, получается равномерная плотность) - вот тогда наступают совсем другие соображения и явления, для которых надо изучать зонную теорию твёрдых тел. У одних тел есть свободная поверхность Ферми - это металлы, они совершенно непрозрачны. У других нету, и они прозрачны - но в некоторых длинах волн. В других длинах волн энергии фотонов хватает для возбуждения электрона через запрещённую зону, и наступает непрозрачность.
В БКФ объяснение на уровне классической оптики и вообще не про прозрачность.
Объяснение в БКФ - должно объяснить вам, почему ваша догадка неправильная.
Я думаю, что объяснение всё же должно исходить из квантовой механики.
Да, так и есть, - только на ещё более высоком уровне, на уровне квантовой теории твёрдого тела (квантовая механика в пределе бесконечного числа частиц).