Т.е. я так понимаю энергия волны передаётся атомам.
Нет. Она передаётся проводящим частицам.
В качестве первого захода, частицы можно рассматривать как классические антенны, с конечной проводимостью, и рассеяние электромагнитных волн на них.
В качестве второго захода, частицы надо рассматривать как конденсированное состояние, с квазичастицами как внутри, так и на поверхности. В качестве третьего захода, за счёт малого размера частиц у них будут другие спектры квазичастиц, чем в бесконечном кристалле.
Это всё называется plasmonics.