Пока в голову пришло только после последнего слайда презентации вставить те же слайды, но без пауз и эффектов. Только это уж больно грязно.
Это уж чересчур. Проще отказаться от эффекта перехода между слайдами (зрители/слушатели будут только рады этому, особенно если презентация большая
).
Стоит обратиться к панели "navigation symbols" (которая по умолчанию обычно включена, см. одноименный раздел beameruserguide). На ней присутствуют разнообразные кнопки навигации. Помимо навигации по слайдам есть также навигация по фреймам (это, кажется, именно то, что Вам нужно), разделам и подразделам и т.д.
Кроме того, можно использовать т.н. полоску навигации (см. раздел "Navigation Bars" в руководстве), содержащую кнопки перехода к разделам и их подразделам.
Наконец, можно обратиться к возможностям по навигации, заложенным в верхнем и нижнем колонтитулах (см. раздел "The Headline and Footline"). Присутствуют ли они и что в них есть, правда, зависит от темы. Например, это может быть поле навигации по разделам и фреймам внутри раздела (с кнопками для каждого фрейма из раздела). А если в колонтитулах имеется поле с названием презентации, то нажатие на него приводит к переходу на первый/последний слайд презентации.