Едва ли я понял суть вопроса, но почему бы не ответить, коли просят?
как именно мы «вдыхаем» содержание в эти самые переменные, чтобы всё работало как надо.
«Работа» теории определяется выбором сигнатуры и аксиом (ну и правил вывода, которые обычно классические). Если сигнатура и аксиомы отвечают интуиции (содержанию), то и теоремы будут ей (ему) отвечать. Стало быть, «вдыхание содержания» осуществляется выбором сигнатуры и аксиом. Сигнатура и аксиомы какие надо
всё работает как надо.
Mysterious Light писал(а):
как именно мы объясняем формальной теории, что в одном случае квантором могут связываться только элементы, в другом случае — только множества, а в третьем случае — и то, и другое.
Ну, во-первых, теория знать не знает о том, что мы подразумеваем под значениями переменных. Она просто работает, выводит теоремы из аксиом. А во-вторых, обычно рассматриваются теории, в которых нет разных сортов переменных. Так обстоит дело и с классической теорией множеств: коль скоро рядом с кванторами стоят переменные, причем все они -- одного сорта, а под значениями переменных мы подразумеваем множества, то квантоваться можно только по множествам. Этого вполне достаточно, если вовремя вспоминать, что элементы множеств, множества множеств, а также последовательности, функции и все прочее -- это тоже множества.
Mysterious Light писал(а):
Я очень бы хотел, чтобы ответ базировался на NGB или на другом не-ZF варианте теории множеств, если можно.
А вот одна из версий NGB -- как раз двухсортная. Там есть переменные двух сортов. Под значениями переменных одного сорта подразумеваются множества, а другого -- классы. Но это все -- неформально; теория опять-таки не в курсе, что мы там подразумеваем. Она, знай себе, теоремы выводит.
P.S. Почти уверен, что на вопрос я не ответил.