Ну про графические слои может кто еще более грамотный ответит, хотя к Вашей проблеме это и не относится.
А насчет текстового слоя, то его обычно добавляют так: распознают в файнридере в пакетном режиме все тифы из которых собирается djvu книга, сохраняется этот проект (ничего вычитывать не надо
). Затем берется совершенно замечательная утилита от Генчо, пару кликов мышью и все готово
. Причем файнридер нужен 7, в 8 формат сохранения изменился.
Другой способ это взять полный комплект софта от Lizzard с OCR модулем (самый полный весит 200 метров) и им воспользоваться, как я понял
Варяг так и поступает, но говорят качество распознования будет похуже.