Да нет, переопределять \footnote, по-моему, бред.
(Оффтоп)
Да, согласен, бред - но это то что обычно 1-ое приходит на ум, и достаточно часто этот первый бред, становиться базой в дальнейшей цепочке выкладок при получении конечного правильного варианта.
А вот другая мысль.
Взять из latex.ltx определение символов сноски
\@makefnmark.
Перед вызовом вывода заголовка обнулить это определение:
\makeatletter
\def\@makefnmark{}
А после восстановить:
\def\@makefnmark{\hbox{\@textsuperscript{\normalfont\@thefnmark}}}
\makeatother
Может конечно где-то ошибся и что-то еще подшаманить надо (линию внизу страницы убрать, под которой сноски, если конечно на странице не будут другие сноски и т.п.), но думаю мысль эта тоже имеет право на существование, и вроде как работает. Ну по крайней мере я когда использовал это для изменения вида символов сноски в тексте.