Да, конечно.
А давайте посмотрим на простом примере. На плоскости задана область -- круг радиусом

с центром в начале координат, и задано векторное поле

. Находим

-компоненту ротора:

. Так как ротор -- константа, его легко проинтегрировать по области, получится

. Циркуляцию по окружности также легко найти, так как везде на окружности тангенциальная компонента поля (т.е. проекция

на единичный касательный вектор

) равна

. Умножая на длину окружности, получаем

. Подтвердилась теорема Стокса? Подтвердилась.
Теперь я сообщаю Вам то, что утаил: оказывается, граница области расширяется со скоростью света! (Страшно?

). Радиус нашего круга, оказывается, зависит от времени:

.
Но посмотрите: а что, собственно, это меняет? Пусть в момент

радиус равен

. Разве теперь для этого момента ротор поля или интеграл от ротора вычисляется по-другому? Нет, так же, как и раньше. Может, циркуляция по-другому вычисляется? Тоже нет. А раз всё по-старому, значит, они по-прежнему равны в каждый данный момент, и теорема справедлива (тоже в каждый данный момент). Зависимость всего, что в теорему входит, от какого-нибудь параметра (время) для её справедливости несущественна.
Вот только производные по времени от потока или циркуляции уже должны учитывать скорость изменения границы области.
Помедитируйте на такую тему: известны координаты вершин треугольника. Есть формула для площади треугольника через эти координаты. Вы применяете её и находите площадь. Теперь вдруг оказывается, что координаты вершин быстро меняются, и равны тем значениям, что Вы использовали, только в момент

. Как это скажется на вычислении площади треугольника в момент

?