И еще раз хочу обратить внимание, может быть не точно описал, но я вижу абра-кадабру не после компиляции, а при просмотре ТеХ файлов в редакторах. И преамбула здесь не при чем...
Традиционно в MS Windows для отображения кириллицы используется кодировка cp1251. В случае установки современного дистрибутива Ubuntu у вас скорее всего по умолчанию преполагается utf8 (Unicode) — столь давно обещаемое светлое будущее ☺. Необходимо текст перевести из cp1251 в unicode (для правильной компиляции необходимо так-же в преамбуле поменять в inputenc кодировку на текущую). На enca вам уже указали. Для перевода из кодировки в кодировку гарантировано работает следующая команда:
Код:
iconv -f cp1251 -t utf8 oldfile.tex > newfile.tex
P.S. Кроме cp1251 в MS Windows случается ещё и cp866 — тяжкое наследие DOSа. Российские научные журналы издательства Информика требуют tex-файлы именно в этой кодировки. В среде unix до сих пор популярна кодировка koi8-r. Подробнее
тут.